Saint-Père est situé en Bourgogne, à la pointe sud-est du département de l'Yonne dans l'Avallonnais, à 2 km de Vézelay. C'est une région de transition entre les pentes nord du vieux massif granitique du Morvan et les étages doucement vallonnés de la bordure sédimentaire du Sud du Bassin Parisien.
Le village, traversé par la Cure, rivière morvandelle, se dessine au travers de vieilles maisons en pierres (dont certaines sont encore couvertes de laves), de petites ruelles, d'entrée de caves, de lavoirs et de puits. Il réunit deux hameaux, Fontette et Nanchèvres, ainsi que les habitations isolées des Arpents, de la Graineterie, du Val de Poirier et de Vaufront.
Saint-Père, par la diversité de ses paysages, avec ses champs, ses haies vives, ses bosquets, ses prairies et son vignoble, par la richesse de son histoire attestée par ses monuments, a un attrait touristique de première grandeur.